Le manuscrit d’Alfred Dreyfus comprend cinq cents feuillets recto-verso de textes, de mathématiques et de dessins. L'effacement de la mine de plomb ou de l’encre, la dégradation du papier due au climat et au temps, ainsi qu'une graphie parfois minuscule ont rendu délicate la lecture de certains mots ou de certains passages. Le déchiffrement a été le fruit d'un travail obstiné.
L'établissement du texte définitif repose sur le travail de l'éditrice, établi avec la contribution de Mauricette Berne et, pour la partie scientifique, de celle d'Arnaud Parenty.
Le parti pris éditorial et graphique restitue la notion de travail du manuscrit original en même temps que l'esprit de rigueur et de clarté du capitaine Dreyfus.
L’ordre de la transcription respecte celui du manuscrit original.
Ce manuscrit comporte peu de ratures. Lorsqu’il a été biffé par Alfred Dreyfus lui-même, nous mentionnons [biffé] ; lorsqu'il a été effacé par Alfred Dreyfus, [effacé] ; lorsqu’il est illisible ou que le sens demeure incertain, le mot est suivi de la mention [ill.] ou [?].
Nous avons choisi d’utiliser les italiques pour retracer la totalité des propos d’Alfred Dreyfus sans exclusive. La transcription donne des indications sur la graphie du capitaine Dreyfus et met en évidence les mots soulignés par lui. Elle rétablit à de très rares occurrences une orthographe moderne ou un mot par une mention entre crochets.
La ponctuation et l’accentuation sont en revanche restituées conformément aux usages actuels.
Le mot [dessin] fait référence au graphisme répétitif de la main du capitaine Dreyfus tel qu’on le voit dans le fac-similé du Cahier 7. Les schémas scientifiques sont, eux, indiqués par la mention [schéma]. Les autres dessins, peu nombreux, sont précisément définis ; on trouvera alors, par exemple, la mention [dessin d’un paysage].